原上海大学校产企业管理职能部门是上海大学校产管理办公室。2002年经上海市教委批准将上海大学独资的上海大学科技开发总公司变更为资产管理公司与上海大学校产管理办公室并行运做，2007年12月28日上海大学根据教育部[2005]2号文件和市教委[2007]12号文件精神撤消上海大学校产管理办公室，将上海大学科技开发总公司改制为学校法人独资的上海上大资产经营管理有限公司，注册资本人民币3437万元。公司经营范围资产经营管理。代表学校经营管理国有经营性资产和对外投资，依法行使股东的权利。

上海上大资产经营有限公司董事会是公司的经营决策机构，监事会是公司的监督机构。公司经理负责公司日常经营管理，对董事会负责。

公司的主要职责是管理学校所投资企业的股权和经营性资产，确保国有资产的保值增值；促进高校科技成果的转化，孵化科技企业；统筹管理、整合资源，推进学校科技产业化工作。